Γίγαντες με κρεμμύδια και μάραθο

Βράζουμε τους γίγαντες να κρατάνε, αφού προηγουμένως πετάξουμε το πρώτο νερό, περίπου για 15 λεπτά με 3 ποτήρια νερό. Στο μεταξύ καθαρίζουμε και ψιλοκόβουμε τα κρεμμύδια και τα χειροτρίβουμε με ένα κουταλάκι αλάτι πολύ καλά μέχρι να μαραθούν. Τα ξεπλένουμε, τα ανακατεύουμε με τον ψιλοκομμένο μάραθοξ και τα τοποθετουμε μέσα στο ταψί. Πάνω από τα κρεμμύδια με τον μάραθο βάζουμε τους μισοβρασμένους γίγαντες, το λάδι, λίγο αλάτι, το κόκκινο πιπέρι και 2 περίπου ποτήρια νερό από τους βρασμένους γίγαντες. Τέλος πασπαλίζουμε το αλεύρι για να γίνει κρούστα. Τα ψήνουμε για 1 ώρα περίπου στους 180 βαθμούς.